부동산을 보유하고 있다면 12월 종합부동산세 고지서를 받기 전 반드시 확인해야 할 일정이 있다.
바로 2026년 종합부동산세 합산배제와 과세특례 신고·신청이다.
국세청은 올해 혜택 적용이 예상되는 약 4만8천 명에게 안내문을 발송했으며, 신고·신청 기간은 2026년 9월 16일부터 9월 30일까지다.
해당되는 납세자가 이 기간에 신고하거나 신청하면 오는 11월 종부세 정기고지 때 일부 부동산이 과세 대상에서 제외되거나 1세대 1주택자에 준하는 공제와 세액공제를 적용받을 수 있다.
하지만 모든 주택 소유자가 신청해야 하는 것은 아니다. 자신의 보유주택 형태와 공동명의 여부에 따라 적용 여부가 달라지므로 정확한 구분이 필요하다.
종합부동산세는 6월 1일을 기준으로 판단한다
종합부동산세는 매년 6월 1일 현재 보유한 주택과 토지를 기준으로 과세 여부를 판단한다.
개인이 보유한 주택의 경우 공시가격을 합산해 일반적으로 9억 원을 공제하고, 1세대 1주택자는 12억 원을 공제한다.
주택분 공정시장가액비율은 현재 60%가 적용된다.
즉 단순히 집값이 일정 금액을 넘었다고 바로 그 금액 전체에 종부세가 부과되는 구조는 아니다.
공시가격, 기본공제, 주택 수, 세율, 재산세 공제, 세액공제 등을 함께 계산해야 실제 세액이 결정된다.
‘합산배제’란 무엇일까
합산배제는 일정 요건을 충족한 부동산을 종합부동산세 과세표준 계산에서 제외하는 제도다.
대표적으로 일정 요건을 갖춘 임대주택과 사원용 주택, 주택신축용 토지 등이 해당될 수 있다.
예를 들어 임대주택의 경우 사업자등록, 의무임대기간, 임대료 증액 제한 등 여러 요건을 충족해야 한다.
사원용 주택 역시 공시가격이나 주택 규모, 임대보증금 등의 요건을 확인해야 한다.
따라서 단순히 “임대하고 있는 집”이라는 이유만으로 종부세에서 자동 제외되는 것은 아니다.
이미 합산배제를 신고해 적용받고 있고 기존 신고 내용에 변동이 없다면 다시 신고하지 않아도 되는 경우가 있다.
반대로 임대사업자 등록 말소나 주택 처분 등으로 요건이 달라졌다면 반드시 변동 내용을 확인해야 한다.
일시적 2주택도 1세대 1주택 특례가 가능하다
기존 주택을 가진 상태에서 새 주택을 먼저 구입해 일시적으로 2주택이 된 경우에도 일정 요건을 충족하면 1세대 1주택자로 인정받을 수 있다.
대표적인 조건은 신규 주택 취득일부터 3년 이내에 종전 주택을 처분하는 것이다.
특례가 적용되면 1세대 1주택자의 기본공제 12억 원과 연령·보유기간에 따른 세액공제를 적용받을 수 있다.
다만 일시적 2주택 특례를 받았지만 정해진 기간 안에 종전 주택을 처분하지 않는 경우에는 추후 세금 부담이 발생할 수 있으므로 주의해야 한다.
상속주택이 있어도 무조건 다주택자로 보는 것은 아니다
상속 때문에 본인의 의사와 관계없이 주택 수가 늘어난 경우도 있다.
2026년 기준으로 일정 요건을 갖춘 상속주택은 1세대 1주택자 판단 시 주택 수에서 제외하는 특례를 받을 수 있다.
대표적으로 상속개시일부터 5년이 지나지 않았거나, 상속 지분이 전체 주택의 40% 이하이거나, 상속 지분에 해당하는 공시가격이 일정 금액 이하인 경우 등이 있다.
다만 상속주택이 아예 종부세 과세 대상에서 빠진다는 의미는 아니다.
1세대 1주택자로 판단하는 과정에서 특례가 적용되는 것이므로 합산배제와는 구분해야 한다.
지방 저가주택도 확인해야 한다
1주택자가 수도권 밖 일정 지역의 저가주택을 추가로 보유한 경우에도 1세대 1주택 특례를 받을 가능성이 있다.
2026년 기준 지방 저가주택은 공시가격 4억 원 이하 등의 요건을 충족해야 한다.
또한 올해부터 인구감소지역과 비수도권 인구감소관심지역 주택에 대한 종부세 주택 수 특례도 확대됐다.
최근 지방주택이나 세컨드하우스를 구입한 사람이라면 주소지만 보고 판단하지 말고 해당 지역과 공시가격 요건을 함께 확인하는 것이 중요하다.
부부 공동명의 1주택자는 반드시 계산해 보고 선택해야 한다
2026년 종부세에서 특히 눈여겨볼 부분이다.
부부가 한 채의 주택을 공동명의로 보유한 경우에는 특례를 신청해 1세대 1주택자 방식으로 종부세를 계산할 수 있다.
올해부터는 지분율과 관계없이 부부가 합의해 어느 한 사람을 납세의무자로 정할 수 있도록 제도가 변경됐다.
특례를 선택하면 기본공제는 12억 원이고, 납세의무자의 연령과 보유기간에 따라 최대 80%까지 세액공제를 받을 수 있다.
그러나 여기서 중요한 점이 있다.
공동명의 특례를 신청하지 않으면 부부 각각 9억 원씩 공제가 적용될 수 있어 단순 기본공제 규모만 보면 합계 18억 원이 된다.
따라서 공동명의라고 해서 무조건 1세대 1주택 특례를 신청하는 것이 유리한 것은 아니다.
공시가격이 높거나 장기보유·고령자 세액공제율이 높은 경우에는 특례가 유리할 수 있지만, 다른 경우에는 각각 과세받는 방식이 더 유리할 수도 있다.
국세청도 홈택스와 손택스의 종부세 모의계산을 이용해 두 방식의 세액을 비교한 후 신청할 것을 안내하고 있다.
잘못 신청하면 오히려 세금이 추가될 수 있다
종부세 합산배제와 과세특례는 단순 신청만 하면 끝나는 제도가 아니다.
요건을 충족하지 못했는데도 혜택을 받은 사실이 나중에 확인되면 줄어들었던 종부세와 함께 이자 상당액 등이 추가 부과될 수 있다.
특히 임대주택의 의무임대기간이나 임대료 증액 제한, 일시적 2주택의 기존 주택 처분기한 등을 놓치지 않아야 한다.
따라서 절세 목적만 보고 무조건 신청하기보다 자신이 정확히 요건에 해당하는지를 먼저 확인하는 것이 중요하다.
신청은 어디에서 할까
신고·신청 대상자는 홈택스를 이용하면 편리하다.
국세청은 홈택스에서 종합부동산세 모의계산과 임대주택 합산배제 자가진단 서비스도 제공하고 있다.
신청 대상 여부가 불분명하다면 안내문에 기재된 세무서 담당자나 국세상담센터 126을 통해 확인할 수 있다.
2026년 종합부동산세 합산배제와 과세특례 신청기간은 9월 30일까지다.
부동산 세금은 단순히 주택 수만으로 결정되지 않는다.
공동명의인지, 일시적 2주택인지, 상속주택이나 지방 저가주택이 있는지, 장기간 보유한 1주택자인지에 따라 결과가 달라질 수 있다.
특히 올해는 일부 제도가 변경된 만큼 지난해와 상황이 같다고 생각하기보다는 2026년 기준으로 다시 한번 확인해 보는 것이 필요하다.
세금을 줄이는 가장 안전한 방법은 무조건적인 절세 신청이 아니라 자신의 보유 형태에 맞는 제도를 정확히 확인하고 적용하는 것이다.
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